Aceh merupakan salah satu daerah penghasil produk pertanian di Indonesia, keberadaan ini terlihat sejak dibukanya lahan pertanian di beberapa wilayah, sehingga produksi pertanian dipandang penting. Secara geografis, wilayah Aceh termasuk ke dalam garis bukit barisan di pulau sumatera yang membentang dari wilayah Aceh hingga ke Lampung, maka wilayah di sekitarnya memiliki tanah yang subur sehingga sejumlah tanah yang tersedia di Aceh banyak yang digunakan sebagai lahan pertanian. Untuk mendukung kegiatan di bidang pertanian, maka perlu dukungan dari berbagai pihak, baik secara akademis maupun non akademis. Berdasarkan kebutuhan ini, maka perlu dibuka Akademi Pertanian Iskandarmuda pada tahun 1984 oleh Yayasan Perguruan Tinggi Iskandarmuda (YPTI) yang berkedudukan di Aceh. Berdasarkan Keputusan Mendikbud RI Nomor 042/0/1985 tanggal 5 Oktober 1985, Akademi Pertanian Iskandarmuda memperoleh Status TERDAFTAR untuk semua jurusan. Selanjutnya, Akademi Pertanian Iskandarmuda menjadi Fakultas Pertanian Universitas Iskandarmuda, pada saat pembentukan Universitas Iskandarmuda berdasarkan Surat Koordinator Perguruan Tinggi Swasta Wilayah I Nomor 142/SK.PPS/KOP/87 tanggal 25 Februari 1987, dengan Jurusan Budidaya Pertanian, Program Studi Budidaya Pertanian/Agronomi, dan Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Program Studi Hama dan Penyakit Tumbuhan. Selanjutnya kedua jurusan pada Fakultas Pertanian Universitas Iskandarmuda berubah menjadi Program Studi Agroteknologi berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI No. 163/DIKTI/Kep/2007, tanggal 29 November 2007.